Следующий принц, Иоанн Франциск II, до наследования основной части владений был принцем Сан-Мартино. Он конфликтовал со своей старшей единоутробной сестрой Изабеллой Руини из-за имущества её отца и потратил на это несколько лет. Принц желал построить на прилегающей к палаццо Руини земле казармы, в то время как его сестра выступала против. Дворец был куплен Изабеллой в 1679 году, однако имелись проблемы с выплатой суммы, поскольку маркиза потратила много денег на судебные тяжбы. В итоге долг составил 2000 крон. Если говорить о других событиях, связанных с жизнью принца, то следует упомянуть так же о продолжавшихся противоречиях между Боццоло Кариньяном. За время испанского изгнания Савойя-Кариньянских ещё принц Сципион смог установить фактическую власть в Саббионете, но с возвращением в 1662 году принца Эммануила Филиберта спор за герцогство продолжился. В силу этого и Сципион, и Фердинанд II, и Иоанн Франциск искали себе союзников в лице более крупных и влиятельных правителей. Таковым стал герцог Мантуи Карл III, заинтересованный в ослаблении Савойи и присоединении Монтферрата. Уже с 1673 года Иоанн Франциск стал думать о браке со вдовой своего брата, посколку при помощи такого брака можно было продолжить союзнические отношения с Мантуей. В начале 1674 года принц обратился к Папе Римскому Клименту X с просьбой дать разрешение на брак с Екатериной Гонзага. Поскольку первый брак принцессы не был консуммирован и супруги не состояли в близком родстве, папское разрешение пришло уже к началу 1675 года. В течении нескольких месяцев шли переговоры о приданном, и летом 1675 года в Мантуе состоялась свадьба Иоанна Франциска и Екатерины. Этот брак был завершён должным образом и принцесса была беременна много раз, но все беременности либо заканчивались выкидышами и мертворожденными, либо дети умирали рано:
Выкидыш (22.5.1680, Рим)
Элеонора Екатерина Гонзага-Боццольская (12.6.1681, Мантуя-18.2.1683, Сан-Мартино-далль'Арджине), умерла в младенчестве от оспы
Анна Мария Гонзага-Боццольская (22.5.1682, Сан-Мартино-далль'Арджине-12.2.1683, Сан-Мартино-далль'Арджине), умерла в младенчестве от оспы
Выкидыш (31.1.1684)
Мертворожденный сын (1.11.1684, Мантуя), родился преждевременно
Выкидыш (26.4.1685)
Карл Альберт Гонзага-Боццольский (3.8.1686, Боццоло-9.8.1697, Мантуя), единственный переживший младенчество ребёнок, умер от оспы
Маргарита Тереза Гонзага-Боццольская (24.10.1687, Гаццуоло), родилась недоношенной
Иоанн Франциск Гонзага-Боццольский (27.4.1689, Ревере), умер в младенчестве
Мертворожденная дочь (2.4.1690, Казале)
Выкидыш (31.1.1691)
Екатерина Иоанна Гонзага-Боццольская (27.2.1693, Сан-Мартино-далль'Арджине-28.2.1693, Сан-Мартино-далль'Арджине), умерла в младенчестве
Выкидыш (30.9.1693)
Выкидыш (4.4.1694)
Выкидыш (11.12.1694)
Мертворожденный сын (25.9.1695, Сан-Мартино-далль'Арджине)
Мертворожденный сын (3.2.1697, Гаццуоло)
Екатерина Гонзага была самой младшей из выживших детей герцога Карла II и Марии Генриетты Австрийской. Она родилась в Мантуе, её крёстными были герцог Франциск Карл Монпансье и тётка Элеонора Гонзага, а своё имя принцесса получила в честь прабабки Екатерины Лотарингско-Майеннской. У родителей Екатерины было девять детей, но выжили лишь четверо. Принцесса лишилась матери в три года. В детстве Екатерина страдала от глазного заболевания и для лечения её отправили во Францию к тётке и одновременно крёстной Элеоноре. После нового брака отца с Екатериной Браганса принцесса вернулась в Мантую в 1663 году. У неё сложились плохие отношения с мачехой, а в 1665 году её отец, герцог Карл II, скончался при скандальных обстоятельствах (умер во время полового акта с любовницей или любовником). Екатерина Браганса покинула Мантую в 1668 году, после совершеннолетия молодого герцога Карла III, а воспитанием принцессы занималась её тётка Мария Изабелла Гонзага-Боццольская, двоюродная сестра будущих мужей своей воспитанницы. В 1669 году 12-летняя Екатерина переболела оспой и по причине болезни не смогла присутствовать при свадьбе старшей сестры Элеоноры. Принцесса посетила сестру в Новелларе в следующем году. Карл III стремился объединить различные ветви рода Гонзага, для чего выдал своих сестёр замуж за наследных принцев и правителей Монпансье, Новеллары и Боццоло. Первый брак Екатерины длился недолго, отношения с Фердинандом II были доброжелательными, но не носили интимного характера. Принцесса овдовела в 15 лет и прожила вдовой три года, после чего вышла замуж за Иоанна Франциска. Со вторым мужем Екатерину связывали тёплые отношения, она стала для него преданной и верной женой. В 1683 году две её дочери умерли от оспы, что стало большим горем для принцессы. Впоследствии у супругов не было выживших детей, а наследник был слаб здоровьем и так же скончался в детском возрасте во время визита в Мантую в 1697 году. После 30-ти лет Екатерина стала тучной и хромой. По характеру она была мягкой и дружелюбной, но скучной в общении и боязливой.