Партизанская война в Корее продолжалась на протяжении полутора лет и привела к гибели семи тысяч японских солдат .Японцам все же удалось уничтожить восстание но отдельные партизаны на Юге продолжали действовать вплоть до 1913 года . Также было практически полнестью разрушено снабжение войск через эту территорию . Все это привело к тому что дальнейшее продолжение войны японцами стало практически бессмесленно и они были вынуждены возобновить мирные переговоры .
16 августа 1906 года наконец, был подписан мирный договор, ставивший точку в войне.
По условиям договора:
1. Япония, признает, что Российская Империя имеет в Северной и Южной Манчжурии, а также на Ляодунском п-ве преобладающие политические, военные и экономические интересы.
2. Япония обязуется полностью эвакуироваться из Манчжурии.
3. Порт Дальний признается Россией открытым портом, однако с преимуществом российских компаний.
4. Российская Империя накладывает ограничения на рыбную ловлю японским подданным вдоль берегов и в заливах, гаванях, бухтах и реках, находящихся в ее владениях в Японском, Охотском и Беринговом морях.
5. Российская Империя признает преобладающие политические, военные и экономические интересы Японии в Корее, южнее 38-й параллели.
6. Япония признает преобладающие экономические интересы Российской Империи в Корее, севернее 38-й параллели, при условии нахождения ограниченного воинского контингента Японии на территории южной Кореи.
7. Обе стороны обязуются, что территория Кореи не будет использоваться для "стратегических целей" и строительства фортификаций, угрожающих судоходству в Корейском проливе.
8. Курильские острова, и все государственные предприятия и собственность на островах уступаются Российской Империи.
9. Россия не будет препятствовать, Японии, как и другим странам, пользоваться правами и преимуществами, приобретенными ими по действующим с Китаем договорам, за исключением создания "сеттльментов".
10. Японская сторона передает России захваченные корабли.
В результате войны укрепила свое положение и де-факто застолбила за собой обе Манчжурии и через некоторое время Северную Корею (до р. Тендоган). С другой стороны резкое усиление России в регионе не могло не вызвать раздражения у других игроков в регионе, в первую очередь Америки и Англии. Позиция Англии была ясна - Россия старый недруг, да еще победившего английского "протеже" в регионе. У Америки претензии были больше экономического характера - резкий отказ России от "политики открытых дверей" на подвластных ей территориях не мог радовать американские финансовые круги.
В итоге Россия начала сближение с Германией, отрываясь от Антанты и в итоге в 1911 г. встала на сторону немцев
Япония все-таки проиграла войну. Государственный долг Японии, по сравнению с предвоенным, вырос практически в 7 раз. Огромные людские и экономические потери поставили японскую экономику на грань коллапса. Однако у японцев оказались влиятельные друзья - сразу же после войны Франция дала Японии кредит на восстановление, в 1907 Америка предоставила кредит на 40 лет. Англия также не осталась в стороне. Уже в 1906 Америка и Англии провели реструктуризацию японских долгов, оттянув основные выплаты на более поздний срок. Обе страны продолжали видеть в Японии противовес России на Дальнем Востоке, несмотря на поражение в войне.
Новое японское правительство было вынуждено провести ряд экономических реформ, направленных на улучшение экономики. Политика России в налаживании отношений с Японией тоже принесла свои плоды - уже к 1908 г. Южная Корея становится частью Японской империи под имененм Чосон.
Все эти меры позволили не только преодолеть последствия войны, но и вывести экономику Японии на новый уровень. Несмотря на выплаты по долгам, огромные расходы на восстановление экономики Япония не прекратила постройку флота. Видя благополучие и безопасность Империи в мощном флоте, японцы закладывали новейшие корабли, однако экономика была безжалостна и постройка кораблей затягивалась, к примеру, ЛК "Сацума" был заложен в середине 1906 г., однако в строй вступил только в конце 1911 г.