Правда, на этом дело не закончилось. Долгая осада константинопольского патриарха и поведение монемвасийского митрополита, который до последнего сопротивлялся установлению на Руси патриаршества, свидетельствовали, что при утверждении новой патриархии православным Востоком может возникнуть серьезное сопротивление. В такой ситуации позиция Иеремии становилась особенно важной. Когда патриарх, покидая Россию, уже доехал до границы, его нагнал царский посланник с дополнительным денежным пожалованием, грамотами от царя обещавшими дальнейшие милостыни. Особая грамота была направлена турецкому султану. Царь Дмитрий Иоаннович просил его, во имя дружбы между государствами, ''держать патриарха Иеремию в бережении, по старине, во всем''. Русское правительство не желало, чтобы Иеремия был свергнут прежде, чем соборно утвердит учреждение нового патриаршества.
Грамоту восточных иерархов, утверждающую поставление первого русского патриарха, привез в Киев митрополит Тырновский Дионисий только в июне 1591 года. Константинопольская Уложенная грамота о русском патриаршестве была подписана Иеремией, антиохийским патриархом Иоакимом, иерусалимским патриархом Софронием, 42 митрополитами, 19 архиепископами и 20 епископами в мае 1590 года. Она сильно отличалась от киевской грамоты, прежде всего тем, что восточные архиереи отводили русскому патриарху последнее, пятое место после патриарха Иерусалимского (а не второе, как в русском варианте грамоты).
Об этом прямо говорилось в грамоте царю Дмитрию: ''…признаем и утверждаем поставление… патриарха Дионисия, да почитается и именуется он впредь с нами, патриархами, и будет чин ему в молитвах после Иерусалимскаго''. В грамоте к Дионисию восточные патриархи с Освященным Собором писали: ''Имеем тебя всегда нашим братом и сослужебником, пятым патриархом, под Иерусалимским'' — и предлагали признавать константинопольского патриарха ''начальным'' себе.
В Киеве, однако, с беспокойством заметили, что поручение выполнено не до конца: Уложенная грамота не имела подписи второго по значению в Восточной церкви александрийского патриарха. Прежний александрийский патриарх Сильвестр оставил престол, а его преемник Мелетий Пигас резко отчитал Иеремию за самоуправное и незаконное создание новой патриархии. Известный ученый-богослов, строгий канонист и весьма влиятельный на Востоке архиерей потребовал отменить это решение. ''Я очень хорошо знаю, — писал Мелетий Иеремии, — что ты погрешил возведением Российской митрополии на степень патриаршества, потому что тебе небезызвестно (если только новый Рим не научился следовать древнему), что в этом деле не властен один патриарх, но властен только Синод, и притом Вселенский Синод; так установлены все доныне существующие патриархии.
Поэтому ваше святейшество должно было получить единодушное согласие остальной братии, так как, согласно постановлению отцев Третьяго Собора, всем надлежит знать и определять то, что следует делать, всякий раз, когда рассматривается общий вопрос. Известно, что патриарший престол не подчиняется никому иному, как только Католической церкви…
Я знаю, что ты будешь поступать согласно этим началам, и то, что ты сделал по принуждению, по размышлении уничтожишь словесно и письменно!''
Русское правительство предвидело это затруднение, а возможно, получило информацию о позиции Мелетия Пигаса, которую могли поддержать многие на Востоке. В феврале 1592 года осыпанный милостями митрополит Дионисий Тырновский отбыл из Киева, везя с собой богатые подарки всем четырем патриархам. В грамоте Мелетию от царского имени предлагалось особо известить государя ''о утверждении'' патриарха Дионисия.
Царь Дмитрий и патриарх Дионисий официально уведомляли каждого из четырех восточных патриархов, что Российская патриархия претендует на третье место во Вселенской Церкви. Льстя Иеремии, московские власти соглашались считать его главой православия вместо ''отпадшего'' Римского Папы. Александрийского патриарха Мелетия приходилось опасаться — и его признали вторым по значению. На большие уступки милостынеподатели соглашаться не желали.
''Мы, Великий Государь, — значилось в русских грамотах, — с первопрестольником нашим Дионисием патриархом, и с митрополитами, архиепископами, и епископами, и со всем Освященным Собором нашего великаго царства советовав, уложили и утвердили навеки: поминать в Киеве и во всех странах нашего царства на божественной литургии благочестивых патриархов, во-первых, Константинопольскаго вселенскаго, потом Александрийскаго, потом нашего Российскаго, потом Антиохийскаго, наконец Иерусалимскаго''.
В феврале 1593 года в Константинополе составился новый Собор восточных иерархов во главе с Иеремией Константинопольским, Мелетием Александрийским (он распоряжался и правом голоса недавно умершего Иоакима Антиохийского) и Софронием Иерусалимским. Русские подарки оказали самое благотворное влияние на Мелетия, игравшего ведущую роль на Соборе. Ссылаясь на канонические правила, он успешно доказал правильность действий константинопольского патриарха и законность учреждения Российской патриархии. Однако, ссылаясь на другие правила, наотрез отказал новой патриархии в притязаниях на третье место во Вселенской Церкви. Это решение было единодушно принято и подписано участниками Собора.
Учреждение в России патриаршества было с полным соблюдением формальностей признано Восточной Православной Церковью, но русскому патриарху отводилось лишь пятое место в ряду других патриархов. Многольстивые послания Мелетия Пигаса царю, царице и патриарху Дионисию, сопровождавшие соборное деяние, не могли скрасить недовольства русских таким решением. Однако, на данном этапе, в Киеве решили не настаивать. Главное было сделано — возникла пятая по счету патриаршая кафедра. Русская Церковь считавшаяся доселе только одною из митрополий Константинопольского патриархата, сделалась сама независимым патриархатом и самостоятельною отраслью церкви вселенской.
Но мы еще дойдем до Ганга,
Но мы еще умрем в боях,
Чтоб от Японии до Англии
Сияла Родина моя.